Муниципальное общеобразовательное учреждение «Средняя школа № 99» –  единственное в Ярославской области образовательное учреждение, в котором реализуется раздельно-параллельное обучение девочек и мальчиков.

Средняя школа №99 – одна из старейших школ города Ярославля.

Ее история начинается в 1786 году, когда по указу императрицы Екатерины II в Ярославле было открыто Главное народное училище  всех  сословий. Для него было построено специальное здание по проекту архитектора И.М. Левенгагена.   При нем было создано Народное училище, впоследствии преобразованное в гимназию. Во второй половине ХIХ века в этом здании располагалась Женская Екатерининская гимназия. Гимназия была одной из самых престижных в Ярославле, имела свои традиции и богатых попечителей.  В 1918 гимназия была преобразована  в Народную трудовую  школу  второй ступени им. Розы Люксембург. В двадцатых годах школе присвоено имя Н.И.Пирогова, в 1930-1931 гг. она была преобразована в школу-десятилетку.
В послевоенные годы городские школы получили номера, под которыми работают и в настоящее время. Школа им. Н.И. Пирогова получила номер 34, а в 1969 году была переведена из центральной части города в Северный жилой район.
Постановлением мэрии города Ярославля № 1165 от 23.05.2013 года МОУ СОШ № 34 и МОУ НОШ «Женская гимназия» реорганизованы в форме слияния в муниципальное образовательное учреждение  среднюю общеобразовательную школу № 99.
С 2015 года официальное наименование школы — муниципальное общеобразовательное учреждение «Средняя школа № 99»